使用点击化学测定细胞增殖和 DNA 复制

使用点击化学测定细胞增殖和 DNA 复制

细胞增殖测定广泛应用于细胞毒性研究、癌症研究和细胞生物学的许多其他领域。其中许多可以通过荧光标记对增殖细胞进行可视化,并且适合高通量筛选。

检测复制的 DNA 可以说是检测增殖的最直接方法。这是通过使用溴脱氧尿苷 (BrdU)核苷实现的,该核苷在复制过程中融入 DNA。然后,细胞 DNA 中的这些核苷修饰可以通过抗 BrdU 抗体检测到。尽管具有特异性,但这种测定方法繁琐且难以重现,因为需要用刺激性试剂处理细胞,以使 DNA 暴露于抗体,否则这些抗体不会穿透细胞结构。

一种更温和的替代方案是乙炔基脱氧尿苷 (EdU),可以通过将其添加到培养基中或注射到动物体内来将其递送至细胞。掺入 DNA 后,该核苷可在铜 (I) 催化下与各种荧光染料叠氮化物结合,从而对复制的 DNA 进行荧光染色。该测定易于执行、快速且可重复。它不需要对细胞进行严酷的处理(只需要用 Triton 进行透化),因此可以更好地保存细胞结构。在用叠氮化染料处理和最后的洗涤步骤(步骤 8)后,可以使用具有各种发射波长的荧光团(例如 Hoechst、DAPI或荧光标记抗体)来标记细胞。

所需试剂

  • 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 (EdU)

  • 铜 (II)-BTTAA 络合物— сlick сhemistry 催化剂

  • 抗坏血酸— 铜的还原剂

  • 叠氮化物荧光染料

  • DMSO,标签级— 叠氮化物溶剂

  • Triton X-100(或 Tween-20)

  • PBS,pH 7.4

  • 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4

协议

确切的方案取决于特定的细胞或组织类型,但一般工作流程如下所述:

  1. 将细胞/组织与 10–20 μM EdU 孵育所需的时间。

  2. 用含 3.7% 甲醛的 PBS 固定细胞 15 分钟。

  3. 用 PBS 清洗细胞。

  4. 用含有 0.2% Triton X-100(或 0.5% Tween-20)的 PBS 透化细胞 30 分钟。

  5. 再次用 PBS 清洗细胞。

  6. 在 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4(对于磺化叠氮化物)或 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4(含 50% DMSO)中制备含有 2 mM 铜 (II)-BTTAA 复合物、10 mM 抗坏血酸和 5 μM 叠氮化染料的混合物(对于非磺化叠氮化物)。该混合物应新鲜制备,因为铜 (I) 在水溶液中不稳定。

  7. 将细胞与点击反应混合物一起孵育 30 分钟。

  8. 用 PBS 清洗细胞。

  9. (可选)如果细胞必须用不同的荧光团标记,请使用标准方案继续染色。

磺化(水溶性)叠氮化物,例如磺基氰叠氮化物和 AF 叠氮化物,可产生最佳效果。当使用非磺化叠氮化物(例如氰叠氮化物或 BDP 叠氮化物)时,确保反应混合物中 DMSO 浓度为 50%。

点击化学的应用——测定细胞增殖和 DNA 复制

点击化学的应用——测定细胞增殖和 DNA 复制

细胞增殖测定广泛应用于细胞毒性研究、癌症研究和细胞生物学的许多其他领域。其中许多可以通过荧光标记对增殖细胞进行可视化,并且适合高通量筛选。

检测复制的 DNA 可以说是检测增殖的最直接方法。这是通过使用溴脱氧尿苷 (BrdU)核苷实现的,该核苷在复制过程中融入 DNA。然后,细胞 DNA 中的这些核苷修饰可以通过抗 BrdU 抗体检测到。尽管具有特异性,但这种测定方法繁琐且难以重现,因为需要用刺激性试剂处理细胞,以使 DNA 暴露于抗体,否则这些抗体不会穿透细胞结构。

一种更温和的替代方案是乙炔基脱氧尿苷 (EdU),可以通过将其添加到培养基中或注射到动物体内来将其递送至细胞。掺入 DNA 后,该核苷可在铜 (I) 催化下与各种荧光染料叠氮化物结合,从而对复制的 DNA 进行荧光染色。该测定易于执行、快速且可重复。它不需要对细胞进行严酷的处理(只需要用 Triton 进行透化),因此可以更好地保存细胞结构。在用叠氮化染料处理和最后的洗涤步骤(步骤 8)后,可以使用具有各种发射波长的荧光团(例如 Hoechst、DAPI 或荧光标记抗体)来标记细胞

所需试剂

  1. 5-乙炔基-2'-脱氧尿苷 (EdU)

  2. Cu-TBTA 络合物— сlick сhemistry 催化剂

  3. 抗坏血酸— 铜的还原剂

  4. 叠氮化物荧光染料

  5. DMSO,标签级— 叠氮化物溶剂

  6. Triton X-100(或 Tween-20)

  7. PBS,pH 7.4

  8. 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4

确切的方案取决于特定的细胞或组织类型,但一般工作流程如下所述:

  1. 将细胞/组织与 10–20 μM EdU 孵育所需的时间。

  2. 用含 3.7% 甲醛的 PBS 固定细胞 15 分钟。

  3. 用 PBS 清洗细胞。

  4. 用含有 0.2% Triton X-100(或 0.5% Tween-20)的 PBS 透化细胞 30 分钟。

  5. 再次用 PBS 清洗细胞。

  6. 在 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4(对于磺化叠氮化物)或 100 mM Tris 缓冲液,pH 7.4,含有 50% DMSO(对于非-磺化叠氮化物)。该混合物应新鲜制备,因为铜 (I) 在水溶液中不稳定。

  7. 将细胞与点击反应混合物一起孵育 30 分钟。

  8. 用 PBS 清洗细胞。

  9. (可选)如果细胞必须用不同的荧光团标记,请使用标准方案继续染色。

磺化(水溶性)叠氮化物,例如磺基氰叠氮化物和 AF 叠氮化物,可产生最佳效果。当使用非磺化叠氮化物(例如氰叠氮化物或 BDP 叠氮化物)时,确保反应混合物中 DMSO 浓度为 50%。

用于点击化学标记和缀合的试剂储备溶液的制备

用于点击化学标记和缀合的试剂储备溶液的制备

5 mM 抗坏血酸储备液

准备 将 18 mg 抗坏血酸溶解在 20 mL 蒸馏水中。
贮存 抗坏血酸很容易被空气氧化。该溶液可稳定一天。使用新鲜的制剂进行点击化学。

10 mM 铜 (II)-TBTA 库存于 55% DMSO 中

准备 将 50 mg 五水硫酸铜 (II) 溶解在 10 mL 蒸馏水中。将 116 mg TBTA 配体溶解在 11 mL DMSO 中。混合两种溶液。
贮存 室温保存。该溶液可稳定运行多年。

2M 三乙铵乙酸缓冲液,pH 7.0

准备 将 2.78 mL 三乙胺与 1.14 mL 乙酸混合。加水至 10 mL 体积,调节 pH 至 7.0。
贮存 室温保存。该溶液可稳定运行多年。

DNA 标记方案——点击寡核苷酸和 DNA 的化学标记

DNA 标记方案——点击寡核苷酸和 DNA 的化学标记

点击化学是一种多功能反应,可用于合成各种缀合物。事实上,任何生物分子都可以使用点击化学方法轻松地用小分子标记,例如荧光染料、生物素等。

点击化学反应发生在两种组分之间: 叠氮化物炔烃(末端乙炔)。叠氮基和炔基在天然生物分子中几乎从未遇到过。因此,该反应具有高度生物正交性和特异性。如果需要标记寡 核苷酸,可以在许多定制寡核苷酸合成设施和公司订购炔烃修饰的寡核苷酸。

  1. 使用下表计算点击化学标记所需的试剂体积。准备所需的储备溶液(见附录)。

    试剂 混合物中的最终浓度 原液浓度
    炔烃修饰寡核苷酸 变化(20 — 200 uM) 各不相同
    叠氮化物 1.5 x(寡核苷酸浓度) 10 mM DMSO 溶液
    二甲基亚砜 50体积%
    抗坏血酸 0.5毫米 5 mM 水中
    铜-TBTA络合物 0.5毫米 10 mM,溶于 55 vol% DMSO
  2. 将炔烃修饰的寡核苷酸或 DNA溶解在耐压小瓶中的水中。

  3. 添加2M 醋酸三乙铵缓冲液(pH 7.0)至终浓度 0.2 M。

  4. 添加DMSO,并涡旋。

  5. 添加叠氮化物储备溶液(DMSO 中的 10 mM),并涡旋。

  6. 将所需体积的 5mM 抗坏血酸储备溶液添加到混合物中,并短暂涡旋。

  7. 通过向其中鼓泡惰性气体 30 秒来对溶液进行脱气。可以使用氮气、氩气或氦气。

  8. 将所需量的 10 mM 铜 (II)-TBTA 库存在 55% DMSO 中添加到混合物中。用惰性气体冲洗小瓶并盖上盖子。

  9. 涡旋混合物。如果观察到明显的叠氮化物沉淀,则将小瓶在 80°C 下加热 3 分钟,然后涡旋。

  10. 在室温下保存过夜。

  11. 用丙酮(对于寡核苷酸)或乙醇(对于 DNA)沉淀结合物。

    沉淀寡核苷酸缀合物:

    向混合物中添加至少 4 倍过量体积的 3% 高氯酸锂丙酮溶液(如果混合物体积很大,则分成几个小瓶)。

    沉淀 DNA 缀合物:

    向混合物中添加乙酸钠至终浓度0.3M;

    添加 2.5 体积的乙醇(或 0.8 体积的异丙醇)。

    充分混合并在-20°C下保持20分钟。

  12. 10000 rpm 离心 10 分钟。

  13. 丢弃上清液。

  14. 用丙酮 (1 mL) 洗涤沉淀,以 10000 rpm 离心 10 分钟。

  15. 弃去上清液,干燥沉淀,并通过 RP-HPLC 或 PAGE 纯化缀合物。

叠氮化物/炔基修饰的点击化学试剂用途和应用

叠氮化物/炔基修饰的点击化学试剂用途和应用

点击化学这一概念最初源于对天然产物和生物合成途径的观察。它是由化学家KB Sharpless于2001年提出的合成概念。它是由2001年诺贝尔化学奖获得者、67岁的Sharpless教授提出的。

“点击化学”一般通过叠氮化物和炔烃相互作用形成共价键,具有高效、稳定、专一性高等优点,反应不受PH影响,可在常温条件下在水中进行,甚至在活细胞中。

分类

此外,所引入的点击化学试剂基团类型可分为以下类型:

1.叠氮化物修饰试剂(非荧光叠氮化物)的应用

1) AmdU(5-叠氮甲基-2'-脱氧尿苷) ——一种含有叠氮化物的核苷,可以通过细胞聚合酶掺入新生 DNA 中。然后以这种方式连接到 DNA 上的叠氮基团可以用炔烃或环炔烃进行修饰。

2)叠氮化物-PEG2-醛— 具有叠氮基和脂肪醛部分的连接体。

3)叠氮-PEG3-OH — 它是一种双功能分子,具有叠氮基团、伯醇和其间的亲水连接基团。

4) NHS 叠氮基丁酸酯— 用于肽和蛋白质的叠氮基标记的活化酯

5)生物素 PEG3 叠氮化物— 生物素叠氮化物和亲和探针可以用生物素标记以进行点击化学。

6) Chloro-PEG3-azide — 它是一种带有活性氯的异双功能连接体,用于各种亲核基团的烷基化。

7)碘-PEG3-叠氮化物——碘-PEG3-叠氮化物含有高反应活性的碘化物官能团,可以使各种以C-、O-、N-、S-为中心的亲核试剂与其他亲核试剂发生烷基化。

2.炔基修饰试剂(非荧光炔烃)的用途

1)乙炔酰肼——一种含有炔基和酰肼官能团的双官能试剂。与醛、酮反应,通过CuAAC反应,炔基与各种叠氮化物偶联。

2)炔马来酰亚胺——用于连接炔烃、官能团、蛋白质、肽和其他带有SH(硫醇)基团的分子,包括半胱氨酸残基。

3)炔烃 NHS 酯(NHS 己酸酯) — 炔烃 NHS 酯用于带有炔基的生物分子标记,用于铜催化的点击化学。

4)生物素炔——它是一种反应性亲和标记,可以通过点击化学附着到生物分子上。

5)DBCO NHS酯——偶氮苯并环辛炔(DBCO,ADIBO)试剂具有NHS酯功能,可以将环辛炔连接到各种分子上。

6) EdU(5-乙炔基-2'-脱氧尿苷) ——一种核苷,可以通过细胞酶掺入复制的 DNA 中。细胞中含有的 DNA 可以通过与荧光染料叠氮化物的点击化学反应来显色,以揭示细胞增殖情况。

7) STP己酸酯——炔基活化酯,用于修饰氨基。 STP 酯基是 NHS 酯官能团的替代品。

8) STP 戊酸酯— 一种活化酯,用于将炔烃引入肽/蛋白质中。