从FFPE样品中全面可靠地提取总核酸
标签归档:ffpe
xGen™ cfDNA & FFPE DNA 文库制备试剂盒产品详情
xGen™ cfDNA & FFPE DNA 文库制备试剂盒产品详情
应用
xGen cfDNA & FFPE DNA 文库制备机械剪切试剂盒 v2 可制备适用于使用降解样本的多类研究应用的二代测序 (NGS) 文库,这些应用包括:
-
低频体细胞变异 SNP 识别
-
插入/缺失 (insertions/deletion, indel)
-
识别遗传种系 SNP 和 indel
-
全基因组测序 (WGS)
xGen cfDNA & FFPE DNA 文库制备实验方案需要大约 4 个小时,仅包括四个主要步骤,充分减少了样本处理操作(图 1):
-
末端修复。 末端修复酶混合物将 cfDNA 或剪切过的起始 DNA(如 FFPE DNA)转化为可用于连接的平末端 DNA。
-
连接 1。 在连接 1 酶的催化作用下,将连接 1 接头单链添加到剪切 DNA 片段的 3' 端。这种新型酶不能将插入片段连接起来,可充分减少嵌合体的形成。连接 1 接头的 3' 端还含有一个封闭基团,以防止形成接头二聚体。
-
连接 2。 连接 2 接头充当引物,与连接 1 接头互补,填充碱基间隙,然后连接到 DNA 插入片段的 5′ 端,以形成双链产物。
-
PCR 扩增。 包含 xGen 2x HiFi PCR 混合液,用于执行加标签 PCR(引物单独出售),以便于进行 Illumina® 测序。
图 1. xGen cfDNA & FFPE DNA 文库制备 v2 机械剪切试剂盒工作流程。 在第一步中,末端修复酶将 cfDNA 或剪切过的起始 DNA 转化为可用于连接的平末端 DNA。然后,在连接 1 酶的催化作用下,将连接 1 接头单链添加到 DNA 插入片段的 3′ 端。这种新型酶不能将插入片段连接起来,可充分减少嵌合体的形成。连接 1 接头的 3' 端还含有一个封闭基团,以防止形成接头二聚体。连接 2 接头充当引物,与连接 1 接头互补,填充碱基间隙,然后连接到 DNA 插入片段的 5′ 端,形成双链产物。在最后一步中,通过 IDT 2x HiFi PCR 混合液进行 PCR,在片段上加上样本标签序列,以便在 Illumina® 平台上测序。
技术详情
xGen cfDNA & FFPE DNA 文库制备 v2 机械剪切试剂盒包括末端修复、连接 1 和连接 2 反应以及 PCR 所需的所有试剂。
表 1. 规格参数、更多试剂和设备。
功能 | 详情 |
---|---|
样本类型 | 高品质 DNA、cfDNA、来自 FFPE 样本的 DNA |
起始量范围 | 1–250 ng |
接头 | 包含 |
标签引物(不包含) | xGen UDI 引物* |
PCR 扩增试剂 | xGen 2x HiFi PCR 混合液,包含 |
兼容的测序平台 | Illumina® 测序仪 |
兼容的杂交捕获封闭序列 | xGen Universal Blockers—TS Mix |
杂交捕获研究实验的完整流程
xGen cfDNA & FFPE DNA 文库制备 v2 机械剪切试剂盒经过优化,可与 xGen 杂交捕获探针和试剂无缝配合使用(图 2)。无论您的项目需要全外显子组测序还是定制探针组,IDT 均可提供适合您的捕获解决方案。
图 2. 杂交捕获和测序研究工作流程概览。
Syntezza Bioscience 成立于 2003 年,专注于在以色列提供先进的分子生物学产品和测序服务,我们是以色列的供应商。 Syntezza 为学术和政府研究机构、医院和 HMO 以及制药、农业、环境、生物技术和医疗诊断行业的企业客户提供服务。Syntezza经销IDT-Integrated DNA Technologies全系列DNA、RNA和CRISPR产品,IDT和MGI的NGS Library Prep试剂盒,GRiSP的研究试剂,BioBasic的定制基因和肽,BioBasic的定制mRNA和库存产品TriLink、GenTegra 的 DNA 和 RNA 稳定试剂盒以及内部开发的研究试剂。
RNAstorm™ FFPE 套件常见问题
RNAstorm™ FFPE 套件常见问题
使用 RNAstorm™ 试剂盒获得的 RNA 中是否存在任何污染的基因组 DNA?
基因组 DNA 的污染是一个大问题,因为它会干扰下游应用。 RNAstorm™ 试剂盒包括优化的 DNase 消化步骤,可去除污染的基因组 DNA,而不显着影响 RNA 产量。虽然此步骤是可选的,但强烈建议这样做。
我期望从 FFPE 样品中获得多少 RNA?
影响获得的RNA总量的最大变量是样品本身的质量(即组织的类型和数量,以及样品分离和保存的注意事项)。使用 RNAstorm™ 试剂盒,并假设至少合理的样品质量,可以获得大于 1 µg 的量。
使用RNAstorm™试剂盒获得的RNA可以用于RNA-Seq吗?
是的。只要 RNA 的质量足够高,就可以获得高质量的文库。对于 Illumina 测序,建议 DV200 至少为 30%,并且应使用提供至少 1 µg RNA 的样品。
组织应该如何准备?
使用切片机从 FFPE 样品中获取 5-10 µm 的切片。如果可以可靠地切割,可以使用小于 5 µm 的切片。不建议使用厚度超过 10 µm 的切片,因为它们可能无法全消化。此外,每次提取应使用不超过 5 个切片(每个 10 µM)。使用过多的组织会导致消化不全并降低产量。
我可以使用非石蜡包埋的组织吗?
是的,可以使用未包埋在石蜡中的组织。在这种情况下,我们建议机械研磨相当于推荐切片数量的组织。
我可以使用 FFPE 芯吗?
是的,可以使用 FFPE 芯材。由于核心不使用切片机进行处理,因此样品消化往往更加困难,如果观察到消化不全,建议使用机械均质化(例如使用钢珠)。
您推荐哪种脱蜡方法?
RNAstorm™ 试剂盒包含推荐的脱蜡试剂。与其他常见方法(例如二甲苯)不同,脱蜡试剂高效、无毒,并且不需要使用通风柜。在我们的测试中,所包含的试剂在去除石蜡和纯化高质量核酸方面至少与二甲苯一样有效。
定量从 FFPE 样品中获得的 RNA 的最佳方法是什么?
与从新鲜样品中获得的 RNA 相比,准确定量 FFPE 衍生的 RNA 更具挑战性。仅仅知道存在的 RNA 的绝对量是不够的,还要知道 RNA 是否会在下游应用中发挥作用,这取决于以下因素:
-
片段大小分布:如果 5 µg 样品(通过 Qubit 测量)包含 < 200 nt 的片段,则它对于 RNA-Seq 可能毫无用处。
-
化学修饰:对于从福尔马林固定的样品中获得的RNA,各种化学加合物和交联,包括碱基修饰、碱基-碱基交联和碱基-蛋白质交联,可以使核酸分子无法被酶接触,从而在下游应用中失活。
-
污染:纯化过程中使用的细胞碎片、蛋白质、盐和洗涤剂可能会导致下游检测产生偏差。例如,Nanodrop 等基于 UV/Vis 的方法特别容易受到 200-280 nm 范围内吸收的污染物的影响。
-
基于荧光的方法(例如 Qubit)容易出现重大错误。当使用低浓度的 DNA 或 RNA 时,基于染料的检测可能不是线性的。还必须注意 RNA 样品中基因组 DNA 的污染,因为用于荧光定量的染料并不全针对 FFPE 衍生的 DNA 或 RNA。
-
定量 PCR 是定量严重受损和修饰核酸的方法。
-
是否应该使用 RIN 编号来确定 FFPE 衍生 RNA 的质量?
尽管 RIN 数可以提供有关样品碎片程度的一般信息,但它不够灵敏或可预测,不足以成为下游性能的有用指标,尤其是对于 RNA-Seq。通常,FFPE 衍生 RNA 的 RIN 编号在 2 到 3 之间。其中一些样本对 RNA-Seq 有用,而另一些则不会——但是,RIN 不会告诉您。
使用 Illumina 测序的 RNA-Seq性能预测指标稍好一些的是 DV200,它代表长度超过 200 个核苷酸的 RNA 片段的百分比。 DV200 也是基于生物分析仪数据计算的,但与所有基于生物分析仪的方法具有相同的缺点,特别是高变异性。
从 FFPE 样品中提取 RNA 时我需要了解什么?
-
避免基于有机溶剂 (Trizol) 的方法
-
避免刺激性离液盐(即胍盐)
-
避免使用影响 UV 和/或 Qubit 下游定量的清洁剂(例如 Triton X-100)
-
请勿依赖 RIN 来定量 FFPE 衍生样品的完整性。看看为什么。请改用 DV200。
-
使用去除福尔马林化学修饰的试剂盒或方法。请勿将温度升至 80°C 或以上。即使在此温度下停留很短的时间也会显着降低完整性。
-
请警惕 Qubit 和 Nanodrop 浓度,因为可能会受到有机分子或 DNA 污染。
-
使用 qPCR 定量 RNA,并始终仔细观察熔解曲线以确定是否发生非特异性扩增。
CELLDATA DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒CD502/CD202
CELLDATA DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒
简要描述:CELLDATA DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒- 从FFPE样品中高效提取高质量DNA.CELL DATA产品的经销
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,食品,化工,生物产业 |
CELLDATA DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒
CELLDATA DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒
DNAstorm™ FFPE 提取试剂盒采用专有的 CAT5™ 技术,可增强甲醛诱导损伤的去除能力,并为 DNA 提供更高的产量和质量以及更大的扩增能力。DNAstorm™试剂盒是下一代测序和其他高级应用的最佳解决方案。
DNAstorm™ FFPE 试剂盒现在还提供 MagBead 格式 – 无需离心机即可进行 DNA 分离。
工作流程
简单方便的工作流程
DNAstorm™试剂盒提供了一种方便的工作流程(离心柱或基于MagBead),可从FFPE样品中高效提取高产量和高质量DNA。
该套件还可以与 RNAstorm™ FFPE 试剂盒 从同一组织切片获得纯DNA和RNA。
更好的完整性和质量
使用DNAstorm™ FFPE试剂盒和流行的竞争对手试剂盒从四种不同的FFPE肿瘤样本(结直肠,肺,膀胱和食道)中提取DNA。将等量(500ng)的DNA加载并在脉冲场凝胶上运行。使用DNA风暴™试剂盒可以看到平均DNA大小的显着改善。
规格
应用 | 下一代测序、聚合酶链反应、定量链氯化酶链反应/逆转录聚合酶链反应 |
套件格式 | 手动(50 个离心柱)或磁珠(96 次提取) |
核糖核酸酶处理步骤 | 包括 |
输入样本 | 福尔马林固定样品(石蜡包埋或固定剂) |
建议的输入样本量 | 1-4 段(每段 5-10 μm) |
隔离时间 | 50分钟动手时间 |
每个套件包括: | 旋转柱或磁珠 蛋白酶K 核糖核酸酶 A CAT5™ 裂解缓冲液 洗涤缓冲液 结合缓冲液 脱蜡试剂 |
上海金畔生物科技有限公司 是一家专注于分子生物学、细胞生物学、细菌学、遗传学、免疫学、生物化学、蛋白质学、细胞治疗、临床应用等领域,以销售为主的生物技术公司。销售的产品涉及,细胞株和菌株、胎牛血清、生化试剂、ELISA试剂盒、抗体和抗原、细胞因子、技术服务、实验耗材和消耗品、仪器设备等。客户遍布大学、研究所、医院、卫生防疫、商品检验检疫、制药公司、生物技术公司和食品工业等单位。公司与国内外生物试剂供应商保持着密切的合作关系,有着非常好的货源渠道, 可以在为用户提供前沿和完备的产品和物流服务。公司的目标成为中国生命科学和生物技术等领域坚强的后盾,为这些领域的发展提供服务。以“质量是企业的生命,诚信是经营的资本”为警醒 ,严把所售出商品的质量关,不做任何有损顾客利益的事情。公司代理国内外众多生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品,公司坚持“一站式”服务模式,为客户全面解决实验、生产、开发需求。公司整合与国内资源,加强网络建设,提高公司内部运作效率,为客户提供方便、快捷的服务。公司突出创新思维,提高工作效能,减低运作成本,为客户提供优惠的价格, RNAstorm / DNAstorm Combination Kit (50 rxn)销售
Cell Data Science 是斯坦福大学化学系Erick Kool 教授基于其CAT5 催化*技术开发的新一代核酸提取技术, 具备快速高效高质量优点, DNA/RNA 的片段化少, 没有修饰损伤。提取的产品适合二代测序,基因芯片,定量扩增等应用。金畔公司从2021起成为 Cell Data Science在中国的合作伙伴,附件为产品说明书, 欢饮垂询,试用产品。试剂RNAstorm / DNAstorm Combination Kit (50 rxn)
FFPE Tissue DNA Extraction Kit – ColumnK5011350
FFPE Tissue DNA Extraction Kit – Column
简要描述:FFPE Tissue DNA Extraction Kit – Column,产品编码:K5011350。应用:萃取
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,环保,化工,生物产业,综合 |
FFPE Tissue DNA Extraction Kit – Column,产品编码:K5011350。
FFPE Tissue DNA Extraction Kit – Column,描述:
在去除石蜡、部分逆转福尔马林交联以及从固定组织中释放 DNA 方面进行了优化。用 DNA 结合珠清理后,高纯度 DNA 的浓度可以通过分光光度计或 nanodrop 设备进行测定。
特征 | 规格 |
---|---|
尺寸 | 1 套 |
船运 | 环境温度 |
方法 | 手动的 |
应用 | 萃取 |
样本类型 | FFPE 卫生纸 |
上海金畔生物科技有限公司
-
国内试剂耗材经销代理。
-
国外试剂的订购。可提供欧美实验室品牌的采购方案。
-
提供加急物流处理,进口货物,最快交期1-2周。
-
进出口货物代理服务。
-
公司代理众多有名生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品品牌
-
质量保证,所有产品都提供售后服务。付款方式灵活。公司坚持“一站式”服务模式。
xTractPure™ FFPE DR Extraction KitZ2212004
xTractPure™ FFPE DR Extraction Kit
简要描述:xTractPure™ FFPE DR Extraction Kit,产品编码:Z2212004。应用:NGS、qPCR、基因组学、PCR、提取、自动核酸提取、AnaPrep 48 仪器。
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,环保,化工,生物产业,综合 |
xTractPure™ FFPE DR Extraction Kit,产品编码:Z2212004。
xTractPure™ FFPE DR Extraction Kit,描述:
提供了在 FFPE 组织标本中提取 RNA 和 DNA 所需的所有试剂。该试剂盒包含足以提取 48 个 FFPE RNA 和 48 个 FFPE DNA 的试剂。
福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织标本对于许多病理学的回顾性研究来说是非常有价值的来源。然而,从 FFPE 标本中提取核酸通常具有挑战性,因为核酸在存档过程中会发生交联和降解。因此,从这些样本类型中获得的核酸通常是高度片段化和化学修饰的。
尺寸 | 1 个试剂盒(48 次制备) |
---|---|
船运 | 环境温度 |
工具类型 | 样品制备试剂盒 |
方法 | 手动、自动 |
上海金畔生物科技有限公司
-
国内试剂耗材经销代理。
-
国外试剂的订购。可提供欧美实验室品牌的采购方案。
-
提供加急物流处理,进口货物,最快交期1-2周。
-
进出口货物代理服务。
-
公司代理众多有名生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品品牌
-
质量保证,所有产品都提供售后服务。付款方式灵活。公司坚持“一站式”服务模式。
xTractPure FFPE RNA Extraction KitZ2212003
xTractPure FFPE RNA Extraction Kit
简要描述:xTractPure FFPE RNA Extraction Kit,产品编码:Z2212003。应用:NGS、qPCR、基因组学、PCR、提取、自动核酸提取、AnaPrep 48 仪器。
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,环保,化工,生物产业,综合 |
xTractPure FFPE RNA Extraction Kit,产品编码:Z2212003。
xTractPure FFPE RNA Extraction Kit,描述:
提供了在 FFPE 组织标本中提取 RNA 所需的所有试剂。该试剂盒包含足以提取 48 次 FFPE RNA 的试剂。
福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织标本对于许多病理学的回顾性研究来说是非常有价值的来源。然而,从 FFPE 标本中提取核酸通常具有挑战性,因为核酸在存档过程中会发生交联和降解。因此,从这些样本类型中获得的核酸通常是高度片段化和化学修饰的。
尺寸 | 1 个试剂盒(48 次制备) |
---|---|
船运 | 环境温度 |
工具类型 | 样品制备试剂盒 |
方法 | 手动、自动 |
上海金畔生物科技有限公司
-
国内试剂耗材经销代理。
-
国外试剂的订购。可提供欧美实验室品牌的采购方案。
-
提供加急物流处理,进口货物,最快交期1-2周。
-
进出口货物代理服务。
-
公司代理众多有名生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品品牌
-
质量保证,所有产品都提供售后服务。付款方式灵活。公司坚持“一站式”服务模式。
xTractPure FFPE DNA Extraction KitZ2212002
xTractPure FFPE DNA Extraction Kit
简要描述:xTractPure FFPE DNA Extraction Kit,产品编码:Z2212002。应用:NGS、qPCR、基因组学、PCR、提取、自动核酸提取、AnaPrep 48 仪器
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,环保,化工,生物产业,综合 |
xTractPure FFPE DNA Extraction Kit,产品编码:Z2212002。
xTractPure FFPE DNA Extraction Kit,描述:
提供了在 FFPE 组织标本中提取 DNA 所需的所有试剂。该试剂盒包含足以进行 48 次 FFPE DNA 提取的试剂。
福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织标本对于许多病理学的回顾性研究来说是非常有价值的来源。然而,从 FFPE 标本中提取核酸通常具有挑战性,因为核酸在存档过程中会发生交联和降解。因此,从这些样本类型中获得的核酸通常是高度片段化和化学修饰的。
尺寸 | 1 个试剂盒(48 次制备) |
---|---|
船运 | 环境温度 |
工具类型 | 样品制备试剂盒 |
方法 | 手动、自动 |
上海金畔生物科技有限公司
-
国内试剂耗材经销代理。
-
国外试剂的订购。可提供欧美实验室品牌的采购方案。
-
提供加急物流处理,进口货物,最快交期1-2周。
-
进出口货物代理服务。
-
公司代理众多有名生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品品牌
-
质量保证,所有产品都提供售后服务。付款方式灵活。公司坚持“一站式”服务模式。
AnaPrep FFPE DNA Extraction KitZ1322009
AnaPrep FFPE DNA Extraction Kit
简要描述:AnaPrep FFPE DNA Extraction Kit,产品编码:Z1322009。应用:自动核酸提取,AnaPrep 12 Dx 仪器仅供研究使用。不适用于诊断程序。
详细介绍
产品咨询
品牌 | 其他品牌 | 供货周期 | 一个月 |
---|---|---|---|
应用领域 | 医疗卫生,环保,化工,生物产业,综合 |
AnaPrep FFPE DNA Extraction Kit ,产品编码:Z1322009。
AnaPrep FFPE DNA Extraction Kit,描述:
尺寸 | 1 个试剂盒(48 次提取) |
---|---|
船运 | 环境温度(加) |
组织 | 北美 |
产品类别 | 脱氧核糖核酸 |
方法 | 自动化 |
应用 | 自动化核酸提取,AnaPrep 12 Dx 仪器 |
样本类型 | FFPE 卫生纸 |
上海金畔生物科技有限公司
-
国内试剂耗材经销代理。
-
国外试剂的订购。可提供欧美实验室品牌的采购方案。
-
提供加急物流处理,进口货物,最快交期1-2周。
-
进出口货物代理服务。
-
公司代理众多有名生命科学领域的研究试剂、仪器和实验室消耗品品牌
-
质量保证,所有产品都提供售后服务。付款方式灵活。公司坚持“一站式”服务模式。