免疫组库测序

免疫组库（Immune Repertoire，IR）是指某个个体在任何特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。T细胞和B细胞分别介导机体的细胞免疫和体液免疫应答，分别通过其表面的T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）来识别和结合抗原，进而发挥功能清除病原体或体内肿瘤细胞。华银采用领先的SMART RACE技术扩增TCR/BCR全长或CDR3区序列（主要是TCR的β链或BCR的重链），再结合高通量测序技术，对机体免疫组库的多样性及每种T、B细胞克隆的独特性序列组成和变化进行分析，从而全面评估机体的免疫状态，明确疾病与T、B细胞克隆组成及变化之间的关系。

案例分析

案例一：大规模T细胞受体测序阐明CD8+淋巴细胞在拉斯穆森脑炎中的致病机理

拉斯穆森脑炎（Rasmussen’s encephalitis，RE）是一种罕见的儿科癫痫疾病伴随有半脑炎症和进行性神经系统缺陷。为了阐明RE的免疫反应过程，德国明斯克大学神经学研究所对RE患者的22例血样，2例脑脊液，和5例脑组织切片样本还有儿科样本参照进行T细胞受体（TCR）测序。RE患者样本表现为外周CD8+T细胞的扩散程度与疾病的严重程度相关。此外，在CNS中，RE是唯一的具有T细胞扩散的儿科癫痫疾病。同时提示在RE中，外周扩散的CD8+淋巴细胞的抗原特异性会侵害CNS，可通过限制其进入CNS来改善。

图1. RE病人的TCR组库严重受限制

图2. RE疾病特异性的克隆中CDR3区和Vβ基因的长度分布

图3. 中枢神经系统干细胞移植前后TCR组库的情况及不同样本间共享的克隆类型

案例二：个体遗传差异导致独特的淋巴细胞受体和抗原细胞

适应性免疫系统的保护机体的能力是需要不同的淋巴细胞抗原受体完成的。然而个体差异基因和后天因素导致的差异和影响还没有被完全阐释。斯坦福大学医学院通过对5对同卵双生双胞胎的B、CD4+ T和CD8+ T淋巴细胞进行分析，来量化遗传因素在V(D)J重组过程和胸腺选择中的影响。选取PBMCs进行RNA提取后利用反转录获得目的片段并构建免疫组文库，使用Miseq进行2x300base测序，最后分析免疫组库的差异性。

图4. 遗传性因素影响的未成熟细胞的基因使用分析图

图5. 未成熟细胞和记忆细胞的CDR3区域特征遗传倾向性

Exosome lncRNA测序

外泌体（exosome）是由活细胞分泌的含有 RNA 和蛋白质的微囊，大小为30-100nm。几乎所有类型的细胞都能分泌，广泛存在于各种体液中，包括血清、尿液、细胞培养上清、乳汁、唾液、腹水、羊水、气管肺泡灌洗液和关节滑液等。外泌体参与调控重要的细胞生理活动，在免疫应答、凋亡、血管生成、炎症反应、凝结过程中的作用均有报道，可以成为多种疾病的早期诊断标记物，也能作为靶向药物的载体进行疾病治疗。

案例分析

案例一：外泌体传递lncARSR以提高肾癌细胞的舒尼替尼抗药性

舒尼替尼耐药是晚期肾细胞癌（renal cell carcinoma，RCC）治疗的一个难点。了解这一耐药现象的机制并制定抑制舒尼替尼耐药的有效策略是目前临床应用中面对的重要问题。Qu L等确定了一个与舒尼替尼抵抗相关的lncRNA（命名为lncARSR）。在RCC细胞中，lncARSR通过竞争性结合miR-34/miR-449来促进AXL和c-Met表达，进而赋予细胞舒尼替尼抗性。此外，具有生物活性的lncARSR可以被纳入外泌体并被传输到舒尼替尼敏感性RCC细胞，从而传播舒尼替尼抗性。对舒尼替尼抗药性RCC施加舒尼替尼的同时靶向关闭lncARAR或同时施加AXL/c-MET抑制剂可以有效缓解肿瘤细胞对舒尼替尼抵抗。因此，lncARSR可以用作预测和治疗舒尼替尼耐药的潜在治疗靶标。

图1. lncARSR RCC舒尼替尼抗性信号通路的作用机制

案例二：前列腺外泌体中lncRNA富含miRNA种子序列

本研究分析了几组前列腺癌的外泌体和其亲代细胞系的lncRNAs表达情况。研究发现，不同肿瘤细胞系外泌体均富含某些lncRNAs。这些外泌体lncRNAs本身富含miRNA种子序列 ，包括let-7家族成员以及miR-17，miR-18A，miR-20a，miR-93和miR-106b。并且在外泌体中伴随有高丰度的相同种类miRNAs。此外，外泌体lncRNAs也具有RNA结合蛋白的结合序列。最常见的两种基序是ELAVL1和RBMX。鉴于外泌体lncRNAs富含miRNA种子序列与RBP部位，其相互作用可能会在前列腺癌癌变过程中发挥重要功能。

图2. 前列腺细胞外泌体中lncRNA的数量和表达差异

华银医学推出多项测序优惠项目

最近几年，免疫组库测序以及外泌体等越来越受到大家广泛的关注，其有望成为肿瘤等多种疾病早期诊断的新技术手段，各类研究也相继开展。日前，测序中国了解到，华银医学推出多项测序优惠项目，具体优惠项目如下：

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