CleanPlex ® UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

CleanPlex ® UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

 CleanPlex ®  UMI 技术是一种多重 PCR 或基于扩增子的 NGS 靶向测序技术,用于精确的肿瘤 DNA 分析。它具有高度先进的专有引物设计算法和 创新的分子条形码化学。它们共同使得 CleanPlex UMI 即用型和定制 NGS 面板能够自信地检测游离 DNA (cfDNA) 中的低频变异(循环肿瘤 DNA – ctDNA)。

CleanPlex UMI 目标富集工作流程

CleanPlex ®  UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

CleanPlex UMI 基于多重 PCR 的目标富集工作流程。 CleanPlex UMI 技术允许轻松快速地准备分子条形码和目标富集的 NGS 文库用于测序。 

超快速且简单的工作流程

CleanPlex UMI 技术具有简单的工作流程,可在 3.5 小时内完成,并且只需要 85 分钟的动手时间。可以快速制备分子条形码和目标富集的 NGS 文库,以便更快地获得结果。

CleanPlex UMI 技术具有的分子标识符

CleanPlex ®  UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

CleanPlex UMI 目标文库制备方案。 CleanPlex UMI 协议涉及 3 个简单步骤,每个步骤包括热循环或孵育反应,然后使用磁珠进行文库纯化。简化的方案仅需 3.5 小时即可完成。完成该协议所需的仪器是热循环仪。

CleanPlex UMI 技术使用专有的多重 PCR 分子条形码化学来标记每个 DNA 分子。整合的分子标识符 (UMI) 可以纠正测序数据中的 PCR 和测序错误,从而提高变异检测的灵敏度和特异性。

CleanPlex UMI(分子条形码)化学

CleanPlex ®  UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

CleanPlex UMI 分子条形码化学。 CleanPlex UMI 工作流程的第一步是多重 PCR 反应,该反应使用 UMI 标记的目标特异性引物对感兴趣的目标进行条形码和扩增。第二步是生化反应,通过去除携带冗余和部分 UMI 的 PCR 产物来解析正确的 UMI。最后一步是使用 CleanPlex 双索引 PCR 引物的扩增反应,可确保高精度样品解复用,以扩增样品级索引并将其添加到 NGS 文库中。建议使用CleanMag ®磁珠进行文库纯化。

CleanPlex UMI 技术结合了分子标识符 (UMI),能够可靠地检测低频变异。 可以根据测序数据构建共有序列,以在变体调用之前消除 PCR 和测序错误。因此,可以准确地将真正的突变与背景噪声区分开来。借助 CleanPlex UMI 技术,只需 30 ng 的输入 DNA,即可高特异性地检测低于 0.5% 等位基因频率的低频变异。

CleanPlex ®  UMI 技术——用于检测低频等位基因的基于扩增子的分子条形码

UMI 支持准确的变体调用。 使用 CleanPlex UMI 肺癌面板,使用 50 ng 次要等位基因频率 (MAF) 为 0.1% 的 SeraCare Seraseq™ ctDNA Complete™ 突变混合物来制备靶向 NGS 文库,该文库涵盖了参考材料中存在的 13 个突变。使用和不使用 UMI 来分析所得数据。底部面板显示,启用 UMI 的纠错可显着减少误报,从而将真正的突变(橙色圆圈和三角形)与背景噪声(白色圆圈)区分开来。