首次报道华人4个EGFR靶向药物相关新位点,入选AACR最新突破进展

2017年美国癌症研究会(AACR)年会于4月1日-4月5日在美国首都华盛顿召开,在最新突破性进展展示中,一项来自中国团队——GENEIS(元码基因)——针对中国500例NSCLC患者的研究成果受到了高度关注,该研究首次报道了在中国人中发现的4个EGFR新突变位点,这些位点被认为与EGFR的靶向药物的敏感性及耐药相关。

文:Benjamin

一、研究背景

肺癌是癌症中发展最为迅速的疾病之一,多年位居中国肿瘤新发率和死亡率第一。对于最主要的非小细胞肺癌(NSCLS)患者,进行驱动基因突变检测(EGFR、KRAS等)在治疗和预后是有益的。然而,东亚和欧洲/美洲的驱动基因突变和频率都有所不同,关于稀有突变的报道更为稀少。

二、研究过程

为了发现与验证中国NSCLC患者中与药物相关的EGFR罕见突变,以提升个性化治疗的可能性。研究人员采用二代测序、生物信息学分析、数字PCR、分子生物学等技术进行了研究。

为此,GENEIS研究团队基于“HotSpot3D”开发了一种新的临床分析基因组数据的计算工具,称为“GENEIS-3D”,该算法可以结合药物作用位点、基因突变、蛋白质空间结构等信息对突变位点进行综合预测。

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图1 HotSpot3D的分析流程

在本研究中收集了500例NSCLC样本,应用元码基因自主研发的肺癌靶向用药全面检测panel(覆盖肺癌靶向用药相关基因的NGS检测),并通过“GENEIS-3D”进行预测分析。

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图2 GENEIS团队本研究技术路线图

三、研究数据和结果

研究人员收集了500例中国NSCLC样本,并对其中的350例组织样本进行体细胞突变频率检测,涉及ALK, BRAF, EGFR, HER2, KRAS, MET, NRAS, RET and ROS1等基因,测序深度为500X~1000X。

研究发现,EGFR突变占据44.75%,其中,L858R突变占据24.07%的患者,19号外显子缺失占据18.31%的患者。对于KRAS基因突变组成为:12外显子突变(10.17%), 13外显子突变(1.69%),61号外显子突变(4.07%)以及其他外显子突变(1.36%)。

表1 中国NSCLC患者常见靶向基因相关位点的突变频率统计

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对于EGFR、KRAS、BRAF、ALK的阳性样本,将其突变的样本数进行分布统计,7个患者同时含有EGFR+KRAS突变,1个患者含有EGFR+BRAF突变,还有一位患者含有KRAS+ALK突变。

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图3 4个基因在实验样本中的突变统计

研究人员使用“GENEIS-3D”对这350个中国NSCLC患者的肿瘤测序数据进行分析,得到4个未曾报道过的EGFR突变位点,这些位点在预测中与吉非替尼、阿法替你、厄洛替尼、拉帕替尼等药物相关。

表2 最新发现的EGFR突变位点

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研究人员使用数字PCR技术对这些样本进行检测,在组织样本中突变位点均得到验证,并发现在这4个突变存在的样本中常伴有其他常见靶向相关基因突变,有文献表明,这种突变共同存在的情况往往预后较差,该机制尚不清楚,后续的研究正在进行中。

表3 样本中ddPCR的验证结果

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四、研究总结

1、该研究是针对中国NSCLC患者9个癌症驱动基因突变的大规模检测;

2、该研究首次在中国NSCLC患者中发现并验证4个EGFR罕见突变;

3、当EGFR罕见突变与其他常见突变共存时,可能预后不良。

五、AACR突破性进展GENEIS现场展示

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ACOT6 Polyclonal Antibody-Invitrogen-赛默飞世尔科技Thermofisher

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    抗体名: ACOT6 Polyclonal Antibody
    靶点: ACOT6
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ARFGEF1 Polyclonal Antibody-Invitrogen-赛默飞世尔科技Thermofisher

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    克隆性: 单克隆
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2,6-双(2-吡啶基)-4(1H)-吡啶酮; 2,6-Bis(2-pyridyl)-4(1H)-pyridone; 品牌:Aldrich

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含 量:98% 产品规格:500MG, 1G 产品包装:瓶装
品 牌:Aldrich 产 地:原装进口 价 格:元/克

中文名:2,6-双(2-吡啶基)-4(1H)-吡啶酮
英文名:2,6-Bis(2-pyridyl)-4(1H)-pyridone
CAS 号:128143-88-4
MDL 号:MFCD01321386
分子式:C15H11N3O
分子量:249.27 
熔点:168-170 C(lit.) 
货号:483370
品牌:Aldrich 
产品规格:500MG, 1G
产品包装:瓶装
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产地:原装进口

 

Aldrich一直以来都是全球有机和无机化学领域的领导者。我们通过综合的创新能力和完整的产品线为化学研究、医药研发、材料研究等众多领域提供包括化学结构单元、试剂、先进材料和稳定同位素在内的数以十万计的产品,同时我们也为您的基本实验提供基础试剂和实验室溶剂产品。每年会有超过3000余种全新化合物会出现在我们的目录中。

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GIGYF2 Polyclonal Antibody-Invitrogen-赛默飞世尔科技Thermofisher

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    靶点: GIGYF2
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    适应物种: Bovine, Canine, Equine, Guinea Pig, Human, Mouse, Rabbit, Rat
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GGACT Polyclonal Antibody-Invitrogen-赛默飞世尔科技Thermofisher

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    抗体名: GGACT Polyclonal Antibody
    靶点: GGACT
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    宿主: Rabbit
    适应物种: Bovine, Canine, Equine, Human, Porcine, Rabbit
    克隆性: 单克隆
    保存条件: -20° C, Avoid Freeze/Thaw Cycles
    形态: Liquid
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    免疫原: synthetic peptide directed towards the N-terminal region of human GGACT
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4-苄氧基苯胺 盐酸盐 英文名:4-(Benzyloxy)aniline hydrochloride CAS号:51388-20-6 品牌:Aldrich

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品牌: Aldrich 产地: 美国
产品英文名称: 4-(Benzyloxy)aniline hydrochloride CAS编号: <产品号JPS-24214/">51388-20-6
别名: 4-氨基苯基苄醚 盐酸盐 分子式: C6H5CH2OC6H4NH2 �HCl
含量: 98 % 产品规格: 25G,100G

中文名:4-苄氧基苯胺 盐酸盐
英文名:4-(Benzyloxy)aniline hydrochloride
别名:4-氨基苯基苄醚 盐酸盐
CAS号:51388-20-6
MDL号:MFCD00012995
分子式:C6H5CH2OC6H4NH2 · HCl
含量:98%
产品规格:25G,100G
品牌:Aldrich
货号:116637
产地:原装进口

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1-丁基-4-甲基氯化吡啶 英文名:1-Butyl-4-methylpyridinium chloride别名:1-Butyl-4-picolinium chloride 品牌:Aldrich

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品牌: Aldrich 产地: 原装进口
货号: 88482 产品英文名称: 1-Butyl-4-methylpyridinium chloride
CAS编号: <产品号JPS-366206/">112400-86-9 别名: 1-Butyl-4-picolinium chloride
分子式: C10H16ClN 含量: 97 %
产品规格: 5G

中文名:1-丁基-4-甲基氯化吡啶
英文名:1-Butyl-4-methylpyridinium chloride
别名:1-Butyl-4-picolinium chloride
CAS号:112400-86-9
MDL号:MFCD03095439
分子式:C10H16ClN
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含量:>=97.0%
产品规格:5G
品牌:Aldrich
货号:88482
产地:原装进口

Aldrich一直以来都是全球有机和无机化学领域的领导者。我们通过综合的创新能力和完整的产品线为化学研究、医药研发、材料研究等众多领域提供包括化学结构单元、试剂、先进材料和稳定同位素在内的数以十万计的产品,同时我们也为您的基本实验提供基础试剂和实验室溶剂产品。每年会有超过3000余种全新化合物会出现在我们的目录中。

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GGACT Polyclonal Antibody-Invitrogen-赛默飞世尔科技Thermofisher

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    抗体名: GGACT Polyclonal Antibody
    靶点: GGACT
    应用范围: Western Blot
    宿主: Rabbit
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    形态: Liquid
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    免疫原: synthetic peptide directed towards the C-terminal region of mouse GGACT
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